表面活性剂一个显著的特点——具有不对称的分子结构。它的分子由两部分组成，一部分是亲溶剂的，另一部分是憎（疏）溶剂的。由于水是最主要的溶剂，通常表面活性剂都是在水溶液中使用，因此常把表面活性剂的这两部分分别称为亲水基（极性部分）和憎（疏）水剂（非极性部分），疏水基也叫亲油基，如图所示（略）。
表面活性剂的这种特殊结构称为两亲性结构（亲水基亲水，疏水基亲油）。因此表面活性剂是一类两亲化合物。
表面活性剂的亲油基一般是由长链烃基构成，结构上差别较小，以碳氢基团为主，要有足够大小，一般在8个碳原子以上。亲水基（极性基）部分基团种类繁多，差别较大，一般为带电的离子基团或不带电的极性基团。
例如日常用的肥皂，其分子式为C17H35COONa，其中-C17H35是非极性的，也即是疏水基，而-COONa是极性的亲水基。在水溶液中C17H35COONa电离为C17H35COO-与Na+，其主要作用的是C17H35COO-，称为表面活性离子，而Na+则称为反离子。
